Según registros oficiales, la historia de la iglesia María Auxiliadora comenzó en diciembre de 1927, cuando llegaron a Corrientes los sacerdotes salesianos José Borgatti y Luis Castiglia.
Ambos pretendían abrir una escuela para varones. El primer espacio funcionó en una sala de la casa de Juana Francisca Cabral. Allí se instaló un oratorio que reunió a jóvenes y vecinos. Ese fue el punto de partida del actual templo.
El crecimiento del colegio obligó a proyectar una construcción nueva. En 1945 comenzaron las obras de una iglesia más amplia, bajo la dirección del ingeniero Assano, también responsable del diseño de la Basílica de Itatí.
Fue inaugurada en 1950 con un estilo colonial hispanoamericano tardío, de acuerdo con un archivo histórico.
Uno de los elementos más llamativos del interior es el mural pintado en 1970 por el arquitecto José Ramírez. Según relato popular, se habría basado en los sueños de Don Bosco.
En 2004 el templo presentaba signos de deterioro. Se realizaron tareas de restauración en coincidencia con el Congreso Eucarístico Nacional (CEN) que ese año tuvo sede en Corrientes.
Aquella vez, en el campus de la UNNE, Mario Bergoglio dijo presente. Menos de una década después, se convertiría en el papa Francisco.
Esa vez, en la iglesia María Auxiliadora se mejoró la iluminación, se restauraron lámparas antiguas, se repintó el interior y se puso en valor el altar mayor.
Desde hace años forma parte del recorrido de las Siete Iglesias, tradición que se mantiene cada Semana Santa y que enlaza distintos templos del centro histórico.
Actualmente se realizan misas, catequesis, encuentros juveniles, talleres y ciclos de formación.
